नव नालंदा महाविहार पूर्व स्नातक एवं स्नातकोत्तर दोनों स्तर पर छमाही परीक्षा का आयोजन करता है। प्रत्येक छह महीने के अंत में आमतौर पर मई और दिसम्बर महीने के दौरान परीक्षा होती है जिसमें लिखित एवं आंतरिक मूल्यांकन परीक्षा होती है।
विष्वविद्यालय प्रत्येक कोर्स में नामांकन के लिए साल मंे एक बार (मई/जून) प्रवेष परीक्षा/दक्षता परीक्षा का आयोजन करता है। इसके अतिरिक्त पी-एच॰डी॰ कोर्स में नामांकन के लिए प्रत्येक शैक्षणिक सत्र मंे रिसर्च इन्ट्रेंस टेस्ट (आर॰ ई॰ टी॰) का आयोजन होता है।